জিয়াউর রহমানকে গুলি করেন মতিউর, এর আগে হেলিকপ্টারে চট্টগ্রাম যান এরশাদ. আদালতের অনুমতির পর শহীদ রাষ্ট্রপতি জিয়াউর রহমান হত্যাকাণ্ডের সঙ্গে জড়িত থাকার অভিযোগে আটক তৎকালীন মেজর মোজাফফর হোসেনকে জিজ্ঞাসাবাদ করেছে আন্তর্জাতিক অপরাধ ট্রাইবুনালের তদন্ত সংস্থা।রবিবার (১৩ সেপ্টেম্বর) দিনব্যাপী তাকে জিজ্ঞাসাবাদ করা হয়েছে।সোমবারও তাকে জিজ্ঞাসাবাদ করা হবে বলে গণমাধ্যমকে জানিয়েছেন প্রসিকিউটর তানভীর হাসান জোহা।জিজ্ঞাসাবাদে সাবেক এ সেনা কর্মকর্তা গুরুত্বপূর্ণ তথ্য দিয়েছেন। এর মধ্যে শহীদ রাষ্ট্রপতি জিয়াউর রহমানকে হত্যা নিয়েও তথ্য দিয়েছেন মোজাফফর।প্রসিকিউটর তানভীর হাসান জোহা বলেন, জিজ্ঞাসাবাদের এক পর‌্যায়ে মোজাফফর হোসেন জানিয়েছেন, সাবেক রাষ্ট্রপতি জিয়াউর রহমানকে গুলি করেছিলেন লেফটেন্যান্ট কর্নেল (সাবেক) মতিউর রহমান।আর জিয়াউর রহমানকে হত্যার আগে ২৮ মে হেলিকপ্টারে করে চট্টগ্রামে গিয়েছিলেন তৎকালীন সেনাপ্রধান হুসেইন মুহম্মদ এরশাদ।১৯৮১ সালের ৩০ মে ভোররাতে চট্টগ্রাম সার্কিট হাউসে একদল বিপথগামী সেনা সদস্যের হাতে তৎকালীন রাষ্ট্রপতি জিয়াউর রহমানকে নৃশংসভাবে হত্যার শিকার হন।ঢাকা মহানগর পুলিশের (ডিএমপি) ১৬ জুলাইয়ের সংবাদ বিজ্ঞপ্তি অনুযায়ী, গত ১৫ জুলাই বুধবার রাত ১০টা ১০ মিনিটে বনানীর একটি বাসা থেকে তাঁকে গ্রেপ্তার করে গোয়েন্দা বিভাগ (ডিবি)। জিজ্ঞাসাবাদ করে পরিচয় নিশ্চিত হওয়ার পর বিষয়টি সশস্ত্র বাহিনী বিভাগকে জানানো হয়। পরদিন বৃহস্পতিবার সন্ধ্যা ৬টা ১০ মিনিটে ঢাকা সেনানিবাসের মিলিটারি পুলিশের একটি দলের কাছে তাকে হস্তান্তর করা হয়।পরে বিগত সময়ে মানবতাবিরোধী অপরাধের ঘটনায় প্রসিকিউশনের এক আবেদনের পরিপ্রেক্ষিতে আন্তর্জাতিক অপরাধ ট্রাইব্যুনাল-২ তাকে হাজির করার নির্দেশ দেন।২৩ জুলাই হাজিরের পর শহীদ রাষ্ট্রপতি জিয়াউর রহমান হত্যাকাণ্ডের সঙ্গে জড়িত থাকার অভিযোগে আটক তৎকালীন মেজর মোজাফফর হোসেনকে (৭৭) দুই দিনের জন্য জিজ্ঞাসাবাদের অনুমতি দেন আন্তর্জাতিক অপরাধ ট্রাইব্যুনাল।ওইদিন চিফ প্রসিকিউটর মো. আমিনুল ইসলাম বলেন, আমাদের আবেদনের প্রেক্ষিতে তাকে দুই দিনের জন্য জিজ্ঞাসাবাদের অনুমতি দিয়েছেন। এখন সুবিধা জনক সময়ে তদন্ত কর্মকর্তা জিজ্ঞাসাবাদ করবেন। অনুযায়ী পরবর্তী কার্যক্রম গ্রহণ করা হবে। তিনি যেখানে আছেন সেখানে থাকবেন অর্থাৎ সেনা হেফাজতে থাকবেন।চিফ প্রসিকিউটর মো. আমিনুল ইসলাম সেদিন আরও জানান, মানবতাবিরোধী অপরাধে সাবেক সেনা কর্মকর্তা মাসুদ উদ্দিন চৌধুরীর অনেক সংশ্লিষ্টতা পাওয়া গেছে। সারা বাংলাদেশে যখন মানবতাবিরোধী অপরাধ সংঘটিত হচ্ছিল তখনো এই আসামির (মোজাফফর) মাসুদ উদ্দিন চৌধুরীর মধ্যে একটা সংশ্লিষ্টতা আমাদের তদন্ত সংস্থা পেয়েছে। সে কারণে আমাদের কাছে যেহেতু একটা প্রাথমিক তথ্য এসেছে, মানবতাবিরোধী অপরাধের সঙ্গে সংশ্লিষ্টতা আছে, ১/১১’র সাথে তার সংশ্লিষ্টতা আছে এবং আর কোনো বিষয়ে সংশ্লিষ্টতা আছে কিনা তা উদঘাটনের জন্য তদন্তকারী কর্মকর্তা একটি আবেদন করেছে ।